為了使本校實驗室所產生的沖洗器皿廢水符合放流水標準，於2010年在元智五館後方圍牆旁特設置廢水處理廠。設計原理為以物化處理法來處理廢水(含攪拌、快/慢混合、沈澱等)，廢水來源主要為元智二館化材系和生技所的實驗室廢水。本廢水處理廠係採委外操作模式營運，委託操作的目的在藉由專業廠商的操作、維護、巡視及異常事件處理，確保系統正常運作
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