西元2000年，由前校長暨元智大學遠東能源講座教授－詹世弘 博士帶領下，並由經濟部能 源委員會（即現今之能源局）能源科技研究發展計畫五年研發經費支持，成立 國內第一個跨領域之「燃料電池中心」。
本中心相繼榮獲經濟部技術處之學界科專發展高效率低成本之燃料電池關鍵技術，能源局之 第二期四年計畫發展高溫質子交換膜燃料電池關鍵零件，其他政府研發單位（國家科學委員會、 中山科學研究院、核能研究所）以及業界產學合作共同研發及技術之轉移等。
元智大學於民國九十五年起獲得教育部「邁向頂尖大學計畫」，被選為邁向頂尖之大學。本中心之燃料電池為其中之「頂尖研究中心」，將加速提昇中心研發水準，朝向國家級燃料電池中心邁進，擠身國際研發水準之林。
本中心位於中壢市元智大學之元智微科學園區，佔地200坪。研發團隊包含機械、化工與材料、電機及管理學院等 20餘名教授及專任研究員及博士後研究。研發項目含關鍵電解質膜材、奈米微結構膜電極組、觸媒技術、氣體 擴散層及流道設計、雙極板替代性材料、水熱管理與模擬、單電池與電池堆技術、電子電力與電池系統整合等。
中心主要任務除了開發關鍵零組件技術外，並培育我國燃料電池產業發展必須之科技人才。 目前已培育超過200名碩博士之專業人才。
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