為能協助各計畫主持人及參與人員執行研究計畫之運作順暢、切實指導學生研究及相關之學位論文寫作，並避免涉及違反學術倫理爭議，國科會頒布《國家科學及技術委員會研究計畫涉及學生學位論文之學術倫理參考指引》，列舉下列共通性參考指引，提醒研究人員遵守本會學術倫理規範並落實於研究工作中：
- 建立健康之研究環境及態度：研究計畫主持人，應提供研究團隊（含學生兼任人員）適切、正向的學術倫理指導與監督、明確的研究執行及發表管理機制。參與研究的每位人員應落實學術倫理規範於日常研究工作中，共同塑造一個能促進負責任研究行為的研究環境。
- 揭露計畫申請書涉及學位論文之資訊：研究計畫申請書內容若涉及計畫主持人所指導學生之學位論文，應於計畫申請書中清楚揭露或引註。計畫主持人應於計畫申請書中適當揭露已完成的工作項目，並不應將申請時已發表（含學生學位論文）之成果，隱匿為其申請計畫之研究內容，以避免誤導審查人對原創性與重要性之判斷。
- 揭露計畫成果報告涉及學位論文之資訊：計畫主持人繳交研究計畫之進度報告、研究成果報告時，應註明與執行計畫相關之所有成果發表狀況（如已發表之著作與學生學位論文等）。
- 符合發表著作之列名原則：計畫主持人發表計畫成果時（期刊論文或研討會等著作），若著作內容涉及學生學位論文，應視其貢獻之程度，將學生列為該著作之共同作者或為適當之聲明(acknowledgement)，對該著作有相當程度的實質學術貢獻(significant scholarly contribution)者，應列為共同作者。計畫主持人發表計畫成果時，應於該著作註明本會補助計畫。
- 揭露學生參與本會研究計畫之資訊：學生學位論文如為計畫執行成果之一部分，建議於其中敘明計畫主持人及參與研究人員之貢獻，並註明係受本會研究計畫資助。
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